第49回全日本大学野球選手権大会
平成12年（2000）6月10日（土）～6月18日（日）【球場】明治神宮野球場、明治神宮第二球場
【出場校】26校 【試合方式】トーナメント、指名打者制
組み合わせ
優勝 亜細亜大学（10年ぶり3回目）
| 亜細亜大 | 7 | 東都大学野球連盟 |  |
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14 | |||||||||
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| 5回コールド |  |
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| 創価大 | 9 | 東京新大学野球連盟 |  |
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2 |  |
0 |  |
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| 阪南大 | 4 | 近畿学生野球連盟 | |
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3 | |
5 | ||||||||||
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| 東日本国際大 | 初 | 南奥羽大学野球連盟 | |
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3 | |
4 | |
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| 7回コールド | |
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| 龍谷大 | 9 | 関西六大学野球連盟 | |
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10 | |
1 | |
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| 青森大 | 7 | 北東北大学野球連盟 | |
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2 | |
2 | |||||||
| 延長10回 | |
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| 国際武道大 | 9 | 千葉県大学野球連盟 | |
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5 | |
0 | |
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| 松山大 | 26 | 四国地区大学野球連盟 | |
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3 | |
3 | |
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| 関東学院大 | 21 | 神奈川大学野球連盟 | |
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8 | |
2 | |
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| 松阪大 | 6 | 東海地区大学野球連盟 | |
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2 | |
1 | |
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| 九州共立大 | 8 | 福岡六大学野球連盟 | |
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5 | |
2 | |
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| 福井工業大 | 28 | 北陸大学野球連盟 | |
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1 | |
3 | |
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| 九州東海大 | 8 | 九州地区大学野球連盟 | |
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2 | |
5 | |||||||
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| 法政大 | 17 | 東京六大学野球連盟 | |
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8 | |
4 | |||||||
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| 東農大生物産業学部 | 6 | 北海道学生野球連盟 | |
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4 | |
1 | |
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| 岡山商科大 | 5 | 中国地区大学野球連盟 | |
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3 | |
1 | |
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| 東北福祉大 | 18 | 仙台六大学野球連盟 | |
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9 | |
4 | |
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| 7回コールド | |
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| 大阪体育大 | 8 | 阪神大学野球連盟 | |
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2 | |
8 | |
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| 7回コールド | |
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| 福岡大 | 19 | 九州六大学野球連盟 | |
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3 | |
0 | |
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| 愛知学院大 | 14 | 愛知大学野球連盟 | |
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1 | |
6 | |
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| 立命館大 | 10 | 関西学生野球連盟 | |
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7 | |
2 | |||||||
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| 札幌大 | 16 | 札幌学生野球連盟 | |
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0 | |
6 | |
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| 8回コールド | |
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| 佛教大 | 10 | 京滋大学野球連盟 | |
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9 | |
4 | |
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| 上武大 | 2 | 関甲新学生野球連盟 | |
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16 | |
0 | ||||||||||
| 5回コールド | |
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| 近大工学部 | 21 | 広島六大学野球連盟 | |
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4 | |
3 | |
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| 東海大 | 23 | 首都大学野球連盟 | |
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4 | |||||||||